La Generalitat sigue asumiendo el mantenimiento y los gastos por el cese de actividad de la Ciudad de la Luz y, en concreto, tuvo que cubrir el déficit patrimonial de la sociedad, que en 2015 fue de 95,3 millones de euros frente a los 83,1 millones al cierre del ejercicio de 2013. Además, todavía quedan pendientes los 265 millones de euros de ayudas indebidas que salieron de las arcas públicas.
Pese a que se acordó el cese de la actividad desde el 13 de febrero de 2013 tras confirmarse la sanción de la Unión Europea que obligaba a la devolución de los 265 millones de euros, se siguen computando préstamos participativos que tiene la sociedad. Así, el Consell de la Generalitat ha presupuestado 5,6 millones de euros para el ejercicio de 2015.
Además del mantenimiento, el informe de la Sindicatura de Cuentas señala que la sociedad tiene pendientes de cobro los cánones de la Escuela de Formación (211.000€) y de la Fundación Centro de Estudios de la Ciudad de la Luz (1,4 millones de euros), y además debió ingresar 1,2 millones de euros de la empresa gestora de los estudios, Aguamarga Gestión de Estudios.
Las deudas que mantiene la sociedad corresponden a créditos pendientes de pago por valor de 185 millones de euros, a largo plazo, y de 38,5 millones de euros, a corto plazo, más cuatro millones de euros en intereses devengados; y un millón de euros pendiente de pago por obligaciones con Hacienda. Además, en 2014 la plantilla de la Ciudad de la Luz contaba con cinco trabajadores (un directivo, una jefa de sección, dos técnicos y una administrativa), que supone un coste total de 249.000€. Por último, las productoras Tornasol y Castafiore han puesto reclamaciones por valor de 1,7 millones de euros, pendientes de acuerdo.
Durante el pasado diciembre de 2015, el presidente de la Generalitat, Ximo Puig, planteó un aumento del precio de subasta de la Ciudad de la Luz de entre 40 y 50 millones de euros aunque señaló que, después de la subasta, aún se deberían cerca de 200 millones de euros en concepto de créditos. En mayo de 2015 el Consejo de Europa aprobó el pliego de condiciones de la primera subasta, que salió a la venta por un precio global de 94 millones de euros, con la opción de comprar el total o uno de los seis lotes disponibles. Esta licitación solo recibió una oferta que no cumplió los requisitos del pliego de condiciones, por lo que quedó desierta y se planteó una segunda subasta que todavía no ha recibido respuesta de la Comisión Europea.